La ley 13640 establece las competencias de la Comisión Nacional Honoraria que dirige MEVIR. Esto determina que la comisión constituya el órgano máximo de gestión de la organización. Compuesta de once miembros designados por el poder ejecutivo, es responsable de la planificación y ejecución operativa institucional, en cumplimiento de su misión, en el marco de la ley.
La CNH sesiona de manera habitual, ordinaria y regularmente, registrando su actuación en actas rubricadas las que una vez aprobadas son publicadas entre los diversos operadores involucrados. Sin perjuicio de lo mencionado, la CNH, puede sesionar extraordinariamente. En función de la responsabilidad en la administración de los fondos públicos asignados, la CNH opera mediante el planeamiento estratégico quinquenal el cual es considerado por la autoridad ministerial correspondiente en ejercicios anuales.
