La Comisión Nacional Honoraria (CNH) es el órgano máximo de dirección y gestión de MEVIR, de acuerdo con lo establecido por la Ley N.º 13.640. Esta norma le confiere la responsabilidad de conducir la planificación estratégica y la ejecución operativa de la institución, en cumplimiento de su misión pública y dentro del marco legal vigente.
La CNH está integrada por once miembros designados por el Poder Ejecutivo, con representación de diversos ámbitos vinculados al desarrollo territorial, social y habitacional. Su función es garantizar el funcionamiento institucional, velando por el uso adecuado de los recursos públicos asignados y orientando las políticas y programas hacia el cumplimiento del derecho a la vivienda en el medio rural.
Este órgano sesiona de forma regular en instancias ordinarias y, cuando la situación lo requiere, en sesiones extraordinarias. Todas sus actuaciones quedan registradas en actas rubricadas, que son debidamente aprobadas y puestas en conocimiento de los operadores institucionales involucrados.
La CNH opera a través de un esquema de planificación estratégica quinquenal, instrumento fundamental para la orientación de sus acciones. Este plan es considerado por el Ministerio de Vivienda y Ordenamiento Territorial en los ejercicios presupuestales anuales, articulando así el accionar de MEVIR con el resto del Sistema Público de Vivienda.